W roku 1986 Ks. Antoni Chodakowski został proboszczem parafii Święta Trójcy w Chojnie,w którym dawniej był klasztor augustianów. Niemiecki architekt Günther Kumkar z Hanoweru, zabrało się od 1986 do dużego zadania, odbudować budowę Kościoła Mariackiego wspólnie z prałatem Chodakowski. Niestety Pan Kumkar zmarł w listopadzie 1997 roku. Niemiecko-polska fundacja, do której także należy niemiecki związek wspierający z Hanoweru, kontynuuje pracę z dużym sukcesem. Dipl. Ing. Peter Helbich został wybrany po śmierci Pana G. Kumkar na przewodniczącego fundacji Odbudowy Kościoła Mariackiego.
Członkowie i młodzi ludzie parafi Chojna i niemieccy młodzi ludzie z ewangelickiej parafi w Wettbergen Hanoweru zaczęli 1988 wspólnie, czyścić ruinę z gruzu i zielska.
Z biegiem ostatniej 11 lat powstało dziewięć słupów żelbetonowych, wiązanie dachowe o wysokości 40 m i ogromny dach, pokryty dachówką szczytową Mniszka wg planów architekta Macieja Płotkowiaka ze Szczecina. Wszystkie okna zostały zreperowane a następnie wykończone szkłem. Naprawiono również wszystkie ściany zewnątrz łącznie z ich wspaniałą ozdobą. Później została wylana posadzka w kościele. Ewangelickie gminy kościelne podarowały z Hanoweru 20 latarni i ponad 50 ławek kościelnych.
Grożąca zawaleniem neogotycka wieża, która została w XIX wieku wybudowana przez berlińskiego architekta F. A. Stüler, zagrażała nawie kościoła i dlatego została zabezpieczona gorsetem z żelbetonu. W latach 2000 - 2003 zamontowno na szczycie wieży szpic z medzi. Kolejnym krokiem jest wyremontowanie i wybudowanie schodów aż do platformy widokowej przy zegarze.
Środki budowlane są finansowane przez "fundację dla polskiej-niemiecki współpracy" Warszawa Bonn, ministerstwo spraw wewnętrznych Niemiec, Warszawski fundacja kościoła, Wojewódzki Konsewator Zabytków, miasta i gminy, parafia Chojna i prywatni ofiarodawcy.
W 1991 roku zgodnie z projektami rozpoczęło się odrestaurowanie kościoła. Stowarzyszenie pozyskało 10 000 DM i rusztowanie drewniane.
W 1994 roku Fundacja Współpracy Polsko-Niemieckiej w Warszawie zatwierdziła prawie 13 miliardów starych złotych ze środków RFN. Przedtem jednak różne dotacje ze strony Stowarzyszenia umożliwiły zabezpieczenie i inwentaryzację ruiny. Dla dalszych prac Fundacja Kościół Mariacki pozyskała dalsze środki finansowe w wysokości 500 000 nowych złotych. Za pozyskane środki finansowe wykonano prace zabezpieczające kościół, prace przygotowawcze pod kolejne etapy odbudowy. W 1996 roku wykonano roboty przy murach zewnętrznych, podpory pod konstrukcje dachową, dach, pokrycie dachu. W 1998 roku przeprowadzono badania na wieży kościoła mariackiego. Od lipca 1998 roku rozpoczęto prace zabezpieczające na wieży. W 1999 roku zakończono prace nad zabezpieczeniem statycznym grożącej zawaleniem iglicy wieży. Łączne koszty to około 520 000 zł. Wykonano posadzki betonowe w kościele wraz z podwyższeniem na ołtarz. W 2000 roku Fundacja otrzymuje dotację na budowę iglicy wieży wraz z pokryciem miedzianym. Iglica została zmontowana a pokrycie miedziane wieży zakończono w 2003 roku.
Od 1986 roku obiekt ten jest miejscem spotkań, miejscem rozwoju kultury i poznania sąsiadów zamieszkujących Euroregion Pomerania po obu stronach Odry.
Kościół mariacki jest na naszym terenie symbolem współpracy transgranicznej. W ciągu ostatnich lat odbywały się w nim spotkania kulturalne, spotkania na rzecz poznania sąsiada.
Warto tu wspomnieć początki, kiedy to w 1988 roku młodzież polska i niemiecka z terenu Euroregionu Pomerania spotkała się wówczas jeszcze w ruinach kościoła by pracować wspólnie przy jego odgruzowywaniu. Spotkanie to połączone było wraz z prelekcjami i dyskusjami mającymi na celu przybliżenie sąsiadów oraz nawiązanie pierwszych przejawów współpracy czy przyjaźni.
Tak więc od tego czasu w Kościele Mariackim w Chojnie mają miejsce spotkania kulturalne. Od roku 1988 były to między innymi:
We wszystkich tych imprezach licznie brali udział mieszkańcy całego Euroregionu Pomerania z Polski i Niemiec.
Więcej informacji można znaleźć na stronie fundacji : http://www.marienkirche-chojna.de